Selon une croyance commune, le vivant est classé en deux branches : les animaux et les végétaux. Il existe une branche des sciences naturelles qui étudie la diversité et la classification du monde du vivant : la taxonomie (ou taxinomie). En taxonomie, la classification du vivant ne se limite pas aux animaux et aux végétaux.

La taxonomie classe et hiérarchise les différents êtres vivants en fonction de leurs caractéristiques génétiques et de l’évolution des espèces. La catégorisation des espèces passe ainsi par huit rangs obligatoires appelés taxons. Par ordre décroissant de l’étendue du taxon, il y a : le domaine, le règne, le phylum, la classe, l’ordre, la famille, le genre, et l’espèce. D’autres taxons non-obligatoires peuvent être utilisés lorsque que les taxons initiaux ne sont pas suffisants pour la catégorisation.

La classification du vivant en domaines suscite des débats au sein des scientifiques et possède plusieurs variantes. Selon certains, il existerait trois domaines, nommés “super-règnes”. Ces trois super-règnes sont les bactéries, les archées (ou archéobactéries) et les eucaryotes (organismes dont les cellules possèdent un noyau structuré, délimité par une membrane). À l’heure actuelle, cette classification est privilégiée.

Selon certaines théories parmi les plus anciennes (1998), les archées et bactéries sont réunies en un seul domaine : les procaryotes (organismes dont les cellules ne possèdent pas de noyau structuré). Les archées et les bactéries sont des organismes microscopiques qui se ressemblent. D’après ces théories, il n’existerait que deux domaines, qui peuvent prendre le nom d' »empires ». La différenciation entre bactéries et archées ne se ferait alors qu’au taxon suivant : le règne. Cependant, les archées et les bactéries possèdent autant de ressemblances que de différences. Leur principale différence se situe dans la composition de leur matériel génétique¹.

Les théories les plus récentes (elles ont pris de l’ampleur à partir de 2015), considèrent qu’il existe bien deux domaines, mais que ceux-ci ne sont pas les procaryotes et les eucaryotes, mais les bactéries et les archées. Selon elles, les eucaryotes seraient des descendants des archées², et la différenciation entre les deux devrait se faire au règne.

D’autres théories avancent même qu’il existerait encore un autre domaine, dédié aux virus, qui ne sont pas considérés comme des êtres vivants à l’heure actuelle. Les virus sont incapables de se reproduire et de métaboliser (transformer une substance dans un organisme vivant par un ensemble de réactions chimiques) seuls. Ils ont besoin d’une cellule hôte, ce qui fait qu’ils ne sont pas considérés comme vivants.

Certains scientifiques préfèrent commencer la taxonomie du vivant aux règnes, qui suscitent moins de débats. Jusqu’en 2015, ils comptabilisaient six règnes : Archaea (qui contient les archées), Bacteria (qui contient les bactéries), Protista (qui contient les protistes, des microorganismes eucaryotes³), Fungi (qui contient les champignons⁴), Animalia (qui contient les animaux) et Plantae (qui contient les végétaux). En 2015, des études ont prouvé que le règne Protista devait être divisé en deux autres règnes : Protozoa (qui contient les protozoaires, des protistes qui se nourrissent par phagocytose⁵) Chromista (qui contient les chromistes, des protistes qui ne sont pas des protozoaires⁶). Il existe donc sept règnes, dont seulement un comprenant les animaux, et un comprenant les végétaux.

Le taxon phylum est aussi nommé « embranchement » lorsqu’il est employé dans le règne Animalia, et « division » lorsqu’il est employé dans le règne Plantae. Il existe 96 phylums répartis dans les sept règnes. Il n’existe que 35 phylums pour le règne Animalia, et 14 pour le règne Plantae. Les animaux et les végétaux ne représentent que la moitié des embranchements du vivant.

Le taxon espèce regroupe des individus pouvant se reproduire entre eux, et dont la descendance est féconde. Environ deux millions d’espèces animales ont été recensées. Les scientifiques estiment la quantité réelle d’espèces animales à plusieurs millions⁷. Environ 400 000 espèces végétales ont été recensées. Les scientifiques estiment la quantité réelle d’espèces végétales à plusieurs centaines de milliers⁸. Environ dix mille espèces de bactéries ont été recensées. Les scientifiques estiment la quantité réelle d’espèces bactériennes entre plusieurs centaines de milliers et plusieurs milliards⁹. Il y aurait donc plus d’espèces de bactéries que d’espèces d’animaux et de végétaux réunis.

Illustrations : Iudig J

1. Le matériel génétique des archées est en partie composé d’histones, qui sont des protéines. Le matériel génétique des bactéries n’est pas composé d’histone. Le matériel génétique des eucaryotes est aussi composé d’histone.

2. Les archées et les bactéries sont des organismes procaryotes. Cependant, il y a autant de différences et de ressemblances entre les archées et les bactéries, qu’entre les archées et les eucaryotes. Il s’agit d’une des raisons pour lesquelles certains scientifiques pensent que les eucaryotes descendent des archées.

3. Les protistes n’ont pas de caractéristique propre, hormis que ce sont des eucaryotes qui ne sont ni des animaux, ni des végétaux, ni des champignons. Ils regroupent 75% des espèces eucaryotes et seraient les ascendants des animaux, végétaux et champignons. Sa définition étant trop large, le terme « protiste » n’est plus valide et a été séparé en deux autres règnes.

4. Les champignons ont longtemps été considérés comme des végétaux, car ils possèdent diverses caractéristiques qui les rapprochent. Cependant, ils possèdent aussi d’autres caractéristiques qui les rapprochent des animaux. Les champignons sont hétérotrophes (qui se nourrit de la matière organique des autres organismes car il est incapable de la produire seul), comme les animaux, et non autotrophes (qui peut produire seul sa propre matière organique, nécessaire à sa survie, à partir de minéraux), comme les végétaux.

5. La phagocytose est un processus cellulaire par lequel une cellule peut ingérer des particules étrangères.

6. Il n’y a pas de réelle définition des chromistes. Le règne est très vaste, et regroupe à la fois des organismes photosynthétiques, comme les algues brunes, et des organismes autrefois classés parmi les « champignons inférieurs », qui ne pratiquent pas la photosynthèse. Afin de regrouper ces deux branches, ils ont été définis comme des protistes qui ne pratiquent pas la phagocytose, donc des protistes qui ne sont pas des protozoaires.

7. Selon certaines sources, il existerait dix millions d’espèces animales. Selon d’autres il en existerait 7,77 millions. D’autres encore estiment une quantité entre huit et vingt millions. Le calcul de la quantité réelle d’espèces animales est effectué régulièrement, avec des résultats différents selon la méthode de calcul et les paramètres utilisés.

8. Tout comme pour les animaux, la quantité réelle d’espèces végétales varie selon les sources. Selon les sources les plus récentes, il en existerait entre 400 000 et 530 000.

9. Les bactéries mesurent en moyenne deux à cinq micromètres, Cette taille rend difficile la comptabilisation des espèces qui pourraient exister.